藥師經，全稱藥師琉璃光如來本願功德經（梵文：Bhaiṣajyaguru-vaiḍūryaprabha-rāja-sūtra），收於《大正藏》經集部，又名《十二神將饒益有情結願神咒經》。本經敍述藥師佛於過去世修菩薩行，為利導眾生發十二大願，著重於對眾生現世病苦災厄的救濟和獲得福樂。
作譯者：玄奘 A000294 (translator)
作品完成時間：
[大正藏]：0650 ~ 0650(唐（永徵元 A.D. 650）)
[高麗藏]：~ 650
[CBETA]：650 ~ 650(唐)
作品完成地點：[高麗藏]：大慈恩寺 PL000000042410
藥師琉璃光如來又稱藥師佛，是救濟世間疾苦的大醫王。「藥師」，佛教說佛陀為無上醫王或大藥師，「琉璃」，也寫作「瑠璃」，梵語「薜琉璃」的略譯，是一種極稀有的寶物。
「本願功德」，願是願欲，本願即菩薩所發弘願，由其本願所產生的功德，即為本願功德。
本經傳來中國，共有四次翻譯：
本經為佛陀應曼殊室利（文殊師利菩薩）的啟請，說明東方淨琉璃世界藥師如來的功德，並詳述藥師如來因地所發的十二大願：生佛平等願、開曉事業願、無盡資生願、安立大道願、戒行清淨願、諸根具足願、身心康樂願、轉女成男願、回邪歸正願、從縛得脫願、得妙飲食願、得妙衣具願。
此「十二大願」是藥師如來在「因地」修行的廣大行願，而其果德，也就是受報國土東方淨琉璃世界。藥師佛注重為眾生求得現世的安樂，以念佛、持咒、供養等善巧方便度化眾生，經中並宣說為現世眾生救病、救國難、救眾難，用以消災延壽的法門。
本經之註疏有《藥師經疏》（大正藏 No. 2766）、《藥師經疏》（大正藏 No. 2767）、 《藥師經古跡》二卷（新羅．太賢撰）、《藥師經燈燄》一卷（清．淨挺著）、《藥師經直解》一卷（清．靈耀撰）、《藥師經講記》（民國．太虛大師講，竺摩記）、《藥師經講記》（民國．印順導師講，妙峰、常覺記）等。並傳有眾多念誦、觀行儀軌等行法。
《藥師琉璃光如來本願功德經》的核心脈落，起於釋迦牟尼佛在廣嚴城樂音樹下與諸大比丘、菩薩、天龍八部等無量大眾聚會說法。時曼殊室利（文殊師利）法王子因憐憫像法轉時的苦難眾生，從座而起，請佛宣說諸佛名號、本願功德與國土莊嚴，以消弭眾生的業障與貧苦，令其獲致世間與出世間的安樂。 應曼殊室利之請，佛陀闡述了東方過十殑伽沙等佛土之外的「淨琉璃世界」，以及該土教主「藥師琉璃光如來」的因地行願。藥師如來在過去行菩薩道時，曾發下十二大願，立志以無邊功德普救一切有情。這十二大願不僅包含了令眾生身如琉璃、光明廣大、智慧受用無盡等宏遠的菩提願景，更深刻關注眾生的現實苦難：舉凡將邪道者引回正見、使破戒者重獲清淨、救治身心殘疾與種種疾病、解脫貧窮飢渴與王法刑戮，乃至轉女身為男身等，皆為其願力所涵括。其國土清淨無瑕，以七寶所成，無有惡趣與女人，並有日光遍照與月光遍照兩位菩薩摩訶薩作為上首，輔佐藥師如來受持正法寶藏。 隨後，佛陀詳細剖析了聽聞與受持藥師如來名號的無量功德。對於世間慳貪吝惜、造作惡業而墮入惡趣的眾生，若生前曾聞藥師佛名號，便能在地獄或畜生道中依念力復生人道，改過遷善；對於好鬥作惡、失卻正見者，能令其生起慈悲心，互相饒益；對於遭受疾疫、橫死、邪祟或災難所困的眾生，只需專心念誦佛號、造像供養，便能獲得諸天與菩薩接引護佑，逢凶化吉。 為了救拔世間重病臨終及面臨死難的苦難眾生，救脫菩薩進一步向大眾揭示了世間的業報運作與「延命續命」的修持儀軌。當病人臨終、神識被引至琰魔法王面前依罪福簿冊審判之際，親屬若能為其歸依藥師如來、請僧誦經、點燃七層神燈、懸掛五色續命神幡並放生修福，便能使神識「如從夢覺」般復還，從此深刻體悟業報而不再造惡。救脫菩薩亦列舉了誤藥、燒溺、惡獸、毒藥等九種橫死，強調造燈幡與修福對延命避難的重要性，並說明此法門同樣適用於消弭國家的疾疫、叛亂與天災。 在法會的尾聲，與會的十二藥叉大將，包含宮毗羅、伐折羅、迷企羅等，各率七千眷屬同聲白佛，誓願歸依三寶，並發下堅固的護法宏願。他們承諾隨於何處若有流布此經或受持藥師名號者，必當率領眷屬衛護其人，解脫一切苦難，滿足所有願求；若有疾厄求度者，亦可誦經並以五色縷結其名字，得如願後再行解結。 作品的結局，佛陀應阿難尊者的請示，將此法門正式命名為《藥師琉璃光如來本願功德》、《十二神將饒益有情結願神呪》及《拔除一切業障》，下囑大眾應當信受奉行。最終，曼殊室利菩薩、阿難尊者、救脫菩薩、十二藥叉大將及其眷屬，與在場的所有天人、阿修羅等無量大眾，聞佛所說，皆大歡喜，信受奉行。
於其國中，有二菩薩摩訶薩：一名日光遍照，二名月光遍照，是彼無量無數菩薩眾之上首，悉能持彼世尊藥師琉璃光如來正法寶藏。藥師琉璃光如來本願功德經 出自經文中段描述東方淨琉璃世界功德莊嚴之章節. 此段落揭示了東方淨琉璃世界中最具代表性的「藥師三尊」結構。日光遍照與月光遍照兩位菩薩，分別象徵著如日照光明熾烈、如月光清涼寧靜的救度力量，共同荷負與傳承正法寶藏，點出了作品中淨土信仰的神聖圖景與雙翼輔佐的宏大世界觀。
時，彼病人親屬、知識，若能為彼歸依世尊藥師琉璃光如來，請諸眾僧，轉讀此經，然七層之燈，懸五色續命神幡，或有是處，彼識得還。如在夢中，明了自見；或經七日，或二十一日，或三十五日，或四十九日，彼識還時，如從夢覺，皆自憶知善不善業所得果報。藥師琉璃光如來本願功德經 出自經文中後段救脫菩薩向眾生解說延命救脫法的章節. 這段敘述生動描繪了生死交界處的靈魂狀態，將抽象的業報觀念轉化為「如從夢覺、自憶果報」的深刻體驗。親屬設置七層神燈與五色續命幡的儀軌細節，展現了佛教對世間生命疾苦的現實關懷與強烈的情感救贖力，極具震撼力與儀式感。
願我來世得菩提時，身如琉璃，內外明徹，淨無瑕穢，光明廣大，功德巍巍，身善安住，焰網莊嚴，過於日月；幽冥眾生，悉蒙開曉，隨意所趣，作諸事業。藥師琉璃光如來本願功德經 並轉述其過去行菩薩道時所發下的第二大願。. 這一段以極具視覺感與宗教神聖感的「琉璃」為喻，描繪出內外明徹、超越日月的光明境界。它不僅直接體現了藥師佛尊號的核心意涵，更將無私照亮幽冥眾生、令其智慧開曉的慈悲弘願展露無遺，是初讀者建立對藥師佛神聖形象與核心精神認識的最精彩段落。
《藥師經》是佛教聖典，並非單一世俗作者創作，而是由釋迦牟尼佛親口宣說，後由弟子結集而成。目前在華語世界流通最廣的譯本，是由唐代著名的玄奘大師於唐永徽元年，即西元650年，在大慈恩寺翻譯完成的《藥師琉璃光如來本願功德經》。
這部作品主要講述東方淨琉璃世界的藥師琉璃光如來，在過去修行時所發下的十二個偉大誓願。這些誓願特別注重救濟眾生在現實生活中的各種痛苦，例如疾病、貧窮、飢渴、殘疾與災難。經中不僅描繪了極其清淨的淨琉璃世界，還介紹了如何透過念佛名號、誦經、點燈、掛幡等方法來消災延壽，是一部充滿現實關懷與救贖力量的經典。
許多讀者讀完《藥師經》的心得，是感受到一種極大的安心感與慈悲心。這部經的核心意思是，佛教不僅關心死後的解脫，更深刻體恤人類在活著時所面對的身心折磨。藥師佛的十二大願照顧到了衣食住行與健康，提醒人們在追求精神解脫的同時，也應當積極拔除世間的苦難，並透過對業報的醒覺來修善積德。
十二大願是藥師佛救度眾生的總綱，內容非常廣泛。包含了希望眾生身如琉璃般明徹、光明照耀幽冥；提供無盡的資生用具使眾生不虞匱乏；引導走入邪途者重回正道；使破戒者恢復清淨；救治各種身體殘疾與病痛；解脫貧窮飢寒而獲得優美飲食與衣物。這些願力充分體現了物質生活與精神解脫並重的宏大慈悲。
這是救脫菩薩為了拯救瀕臨死亡或遭受橫死的眾生所提出的具體儀軌。當人的神識在生死邊緣徘徊時，親屬可以透過歸依藥師佛、誦經、點燃七層神燈以及懸掛五色續命神幡來修福。續命幡與神燈象徵著延續光明與生命力，其深刻意思在於透過世間善行與虔誠信仰，喚醒病人的神識，使其重新獲得生機並體悟業報。
當所有修持儀軌與延命法門皆已具足，這場看似艱難的生死救贖究竟會帶來何種震撼的轉折？答案就隱藏在經文最終章，十二藥叉大將昂然挺身、共同立下誓願的動人瞬間，以及佛陀親自為這部經典下囑命名時所展現的宏大願力之中。所有關於苦難的解答與希望，都在原著最後的莊嚴結局中等待著你親自尋獲。