本研究探討威權統治時期軍事審判制度與自由民主憲政秩序的關係，以及軍事審判法制及其運作。本研究先探討民國中國時期的軍事審判制度的形成，以及到 1956 年軍事審判法的成立。接著，本研究就政治犯審判與軍事審判的幾個重要議題進行分析。最後，透過與韓國戰後威權時期的軍事審判制度相互比較，由此觀察我國軍事審判制度的特色之外，並觀察自由民主憲政秩序與軍事審判的關係。
這部作品《威權統治時期軍事審判體制之法制基礎、合法性及其與自由民主憲政秩序之關係》是由促進轉型正義委員會出版、林政佑與曾文亮共同執筆的法律歷史與轉型正義研究報告，主要探討中華民國威權統治時期軍事審判制度的形成、演變、實務運作，以及其與自由民主憲政秩序的衝突。 研究從歷史演變切入，指出台灣的軍事審判體制承襲自民國中國時期，早期源自北京政府的陸軍審判條例，並深受日本法制與糾問主義影響。國民政府時期因戰時與治安需求，逐步擴大軍事審判權。1930年公布《陸海空軍事審判法》，其程序採秘密審判、審檢不分且被告缺乏有效辯護權。1941年頒布《戰時陸海空軍審判簡易規程》，將會審制改為軍法官獨任或合議制。1950年代起受美式法制影響，漸次引入輔佐人與選任辯護人制度；1956年立法院通過《軍事審判法》，確立三級二審制與審檢分立，但在戰時或戒嚴體制下，仍保留諸多軍事統帥權干預的例外條款。 在威權統治下的實務運作中，軍事審判權極度膨脹。1949年台灣實施戒嚴後，軍事機關透過戒嚴法第8條及各類案件劃分辦法，將內亂、外患、走私、甚至一般社會治安案件皆納入軍事審判範疇。警備總部集情報、偵查、審判與執行於一身，缺乏內部有效制衡。實務上存在多項重大缺陷，包含以刑求取得自白、忽視證據裁判主義、提審權受限，以及嚴重的「呈核」與「核定」制度，判決宣告前須送呈高層長官或國家最高領導人（如總統）審核，上級可隨意要求發回復審或直接干預變更量刑，導致「形式合法」掩蓋「實質不法」。 研究亦結合比較法視野，將台灣經驗與韓國戰後至1987年間的威權統治比較。韓國在冷戰與美軍政背景下，透過《國家警備法》、《軍法會議法》及朴正熙時期的維新體制與緊急命令，同樣出現將軍事管轄擴及平民、壓制異議份子與侵害基本人權的現象。比較顯示，兩國均面臨軍事權力侵蝕一般司法的困境，但也突顯出法條明確性與公平審判原則的重要性。 本研究的終局結論為，即使在戒嚴或動員戡亂等非常時期，軍事審判亦不得違背自由民主憲政秩序與正當法律程序等最低人權保障。針對轉型正義的處置，報告提出具體的審查指標與建議：對歷史判決應採「描述性」（當時形式合法性）與「評價性」（現代實質法治國標準）雙軌分析；在加害者認定上，應以形式上違法、具主觀明知且客觀造成侵害的公職或受委託執行公權力者為界限；對於過去以違憲法律所作出的不法判決，應透過真相調查、違憲宣告、立法或司法救濟（如再審與撤銷判決）予以清算與平反，以恢復憲政秩序並防止歷史重演。
「人民除現役軍人外，不受軍事審判」，憲法第九條規定綦明，無可曲解，任何法律擅以審非現役軍人之權賦予軍事機關，即係抵觸憲法，依照憲法第一百七十一條第一項，應屬無效，台灣警備總部引據之懲治叛亂條例，根本抵觸憲法，不足掩護該警備總部之不法行為。威權統治時期軍事審判體制之法制基礎、合法性及其與自由民主憲政秩序之關係 雷震案提審聲請狀. 這段文字直指威權體制下軍事審判侵害非現役軍人權利的核心病灶，強烈展現當事人面對國家權力壓迫時，捍衛憲法保障基本人權與法治價值的法律抵抗力道。
查憲法第八條第二項實承同條第一項所稱「除現行犯之逮捕由法律另定外，非經司法或警察機關依法定程序，不得逮捕拘禁；非由法院依法定程序，不得審問處罰」之前提而來。嚴格言之，司法機關應以法院及配置於法院之檢察官為限。… 若謂司法或警察以外之機關猶有合法之逮捕拘禁，如非故意曲解法令，必係不知中華民國有憲法之存在。威權統治時期軍事審判體制之法制基礎、合法性及其與自由民主憲政秩序之關係 宋英提審抗告狀. 文字擲地有聲且詞鋒犀利，精準揭露了當時體制如何以行政機關曲解法令的方式侵害正當法律程序，具有極高的批判性與法律思想強度。
戒嚴時期，接戰地域內關於刑法上左列各罪，軍事機關得自行審判或交法院審判之：一、內亂罪。二、外患罪。三、妨害秩序罪。四、公共危險罪。五、偽造貨幣有價證券及文書印文各罪。六、殺人罪。七、妨害自由罪。八、搶奪、強盜及海盜罪。九、恐嚇及擄人勒贖罪。威權統治時期軍事審判體制之法制基礎、合法性及其與自由民主憲政秩序之關係 戒嚴法第八條之審判權擴張. 這是理解威權體制「司法不法」最關鍵的法條文本，展現軍事權力如何透過條文規範全面滲透並取代一般司法審判，是剖析威權法制結構不可或缺的歷史事證。
本書由林政佑與曾文亮共同執筆撰寫，並由促進轉型正義委員會於2021年正式出版發行。這部作品是促進轉型正義委員會為了釐清威權統治時期體制不法所委託進行的重大研究成果，結合了法律史、比較法學與轉型正義理論。
這本書主要在說明台灣在威權統治時期，政府是如何透過軍事審判制度來管控社會與處理政治案件。書中詳細交代了軍事審判法制的歷史起源，揭露當時警備總部與最高領導人如何利用「呈核」等手段干預判決，並對比韓國的威權審判歷史，最後提出現代如何平反這些不法判決的具體建議。
「呈核」制度是當時軍事審判最嚴重的瑕疵之一。軍法官作成判決後，必須將判決書送呈上級長官乃至國家最高領導人核定。長官可以直接在公文上記筆劃、要求發回復審，甚至直接要求改判重刑或死刑，導致軍事審判失去獨立性，變成形式上的合法包裝。
研究特別引入韓國戰後至1987年間的威權審判制度進行對照。韓國當時同樣透過國家警備法與緊急命令，將軍事審判管轄擴及一般平民，用以壓制異議份子。透過兩國經驗的對比，更清晰地突顯出軍事管轄侵蝕一般司法權的共通困境，以及遵守明確性原則與公平審判的重要性。
面對過去國家機器利用法制所造成的實質不法，研究提出應劃清描述性合法與評價性正當的界線。對於違背自由民主憲政秩序與正當法律程序的歷史判決，究竟該透過何種司法救濟或立法撤銷手段進行平反，以及如何界定加害者責任，答案就在原著的最後幾頁，請親自翻開。
因為自由民主憲政秩序強調正當法律程序、司法獨立與基本人權保障。威權時期的軍事審判不僅缺乏審檢分立，更容許行政與軍事統帥權直接干預審判結果，加上大規模侵犯平民的訴訟權利，完全背離了法治國的基本原則。